做SEO时网站更换域名

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做SEO时网站更换域名和程序转移的问题
做SEO时网站更换域名和程序转移的问题，网站更换了域名，程序是discuz，旧域名做了301重定向跳转到新域名，不过程序还是放在旧域名下面，只是在原网站的基础上把新域名绑定好然后把旧域名301到新域名，两个域名都可以访问网站，不过旧域名会自动跳转到新域名。
由于目前这样操作，新域名首页是很快收录了的，不过半个月过去了还只有收录首页，索引量也一直是1，而旧域名此前的索引量有一千多，之后将为一百以下，至今仍旧不变保持一百以下，而新域名索引量也没增加一直为1.

有以下几个问题：
1、我目前的操作是否有问题？
2、网站更换域名是否需要将程序也转移到新域名下？就是是否需要搬迁程序到新域名。
3、程序安装了百度结构化数据插件，在IIS日志里BaiDu Spider 抓取了不少这个插件的数据（比如这样的：/ plugin.php?id=baidusubmit:sitemapinc&start=1395676800&p=9b1ef18ca37023ee），返回301和304状态码，这是否和目前的索引量为1有关系？
4、我如果暂停旧域名，只启用新域名，这样是否会解决新域名索引量一直为1的情况？如果不行应该从哪些方面进行改善，